Одним из основных показаний МРТ головы являются хронические или часто повторяющиеся головные боли. Выписывая направление на МРТ головы, врач делает это, в первую очередь, для того чтобы исключить опухоль головного мозга. Именно этот метод обследования как никакой другой, позволяет выявить опухолевые заболевания и отличить доброкачественное новообразование от злокачественного (как правило, для этого используется МРТ с контрастом). Наряду с опухолями, распространенной причиной головных болей является нарушение кровообращения мозга. И в  этом случае на помощь приходит МРТ головы, а именно МР-ангиография сосудов головного мозга. Особенно это относится к случаям ишемической болезни мозга (ИБМ) на фоне атеросклероза сосудов, которая служит причиной хронической недостаточности кровоснабжения мозга и связанных с ней головных болей.

МРТ головного мозга позволяет определить скорость кровотока, наличие сосудистых патологий, включая аневризмы, выявить участки и причины сужения просвета сосудов, а также тромбы. Что же касается острого нарушения мозгового кровообращения, называемого инсультом, то и в этом случае магнитно-резонансная томография может оказаться полезной и даже незаменимой. И это притом, что главным и преимущественным методом обследования при остром инсульте считается КТ, или компьютерная томография. Это связано с тем, что, во-первых, КТ лучше показывает острые кровотечения, а во-вторых, она занимает меньше времени. МРТ головы требует большего времени, что исключает его использование для диагностики в случаях, когда дорога каждая минута.

С другой стороны, КТ не всегда может однозначно показать, что имеет место именно инсульт. Если характер жалоб больного дает основания подозревать инсульт, а КТ не показывает его, такого больного обязательно направляют на МРТ головы. Именно МРТ головы позволяет увидеть участок некроза нервных тканей – очаг инфаркта мозга, или инсульта. Таким образом, МРТ головы не является альтернативой КТ при инсульте, а представляет собой дополнительный метод обследования. Если КТ показывает кровоизлияние, то МРТ головы – повреждение тканей мозга. Кроме того, МРТ головы помогает обнаружить постишемические кисты.

Очень высока роль МРТ головы для дифференциальной диагностики, чтобы правильно поставить диагноз, когда симптомы не дают возможность точно определить их причину. Наряду с опухолью головного мозга, артериальной гипертонией и инсультом причиной головных болей может быть «синдром шейной артерии» при остеохондрозе, межпозвоночной грыже шейного отдела, а также нарушение циркуляции спинномозговой жидкости, внутриглазной жидкости, интоксикация, раздражение мозговых оболочек, травматическое кровоизлияние. Кроме того, существуют такие виды головных болей, как мигрень и  головная боль напряжения.

МРТ головы рекомендуется в случаях, когда головные боли сопровождаются головокружениями, нарушением координации движений, равновесия, тошнотой, рвотой, повышенным давлением. В случае если головные боли сопровождаются болезненным напряжением мышц шеи, врач может заподозрить поражение мозговых оболочек. В этом случае МРТ головы назначается обязательно. Если обследование мозга ничего не показывает, проводится МРТ шейного отдела позвоночника, включая сосуды шеи.